Após a conquista de São Luis do Maranhão em novembro de 1615, por determinação do Capitão-mor da Conquista do Maranhão, Alexandres de Moura, o Capitão-mor da Capitania do Rio Grande do Norte, Francisco Caldeira Castelo Branco, partiu daquela cidade para a conquista da boca do rio Amazonas, a 25 de dezembro de 1615, com o título de "Descobridor e Primeiro Conquistador do Rio das Amazonas".
Com três embarcações - o patacho Santa Maria da Candelária, o caravelão Santa Maria das Graças, e a lancha grande Assunção -, e menos de duzentos homens, a expedição atingiu a baía de Guajará em 12 de janeiro de 1616 levantado um forte de faxina e terra, com alojamentos cobertos de palha, artilhado com doze peças. Batizado de Forte do Presépio de Belém, núcleo do povoado de Nossa Senhora de Belém, destinava-se a conter eventuais e quaisquer ataques dos corsários ingleses e neerlandeses que freqüentavam a região.
No contexto do levante dos Tupinambás (1617-1621), a povoação e o forte foram atacados pelas forças do chefe Guaimiaba (em língua-tupi, "cabelo de velha"), que pereceu em combate 1619. Danificada, essa primitiva fortificação foi substituída por outra mais sólida, de taipa de pilão e esta, por sua vez, em 1621, por uma terceira.
A nova fortificação foi erguida com um baluarte artilhado com quatro peças, um torreão e alojamento para sessenta praças, sendo batizada como Forte Castelo do Senhor Santo Cristo, ou simplesmente Forte do Santo Cristo (BARRETTO, 1958:35-39).
Arruinada pelos combates e pelo clima, sofreu reparos em 1632 e 1712. A Carta-régia de 30 de maio de 1721 autorizou os seus reparos e de outras fortificações da região, sendo contratado para tal, em Lisboa, o pedreiro Francisco Martins, com um salário de 800 réis por dia. Poucos anos mais tarde, em 1728, o Sargento-mor Engenheiro Carlos Varjão Rolim, foi trazido de São Luiz do Maranhão para dirigir os trabalhos de reconstrução do forte. Novos reparos foram efetuados em 1759 e em 1773.
Na década de 1950 as suas dependências abrigavam diversos serviços da 8ª Região Militar. Encontra-se tombado pelo Serviço de Patrimônio Histórico e Artístico Nacional desde 1962. Completamente descaracterizado, o monumento sofreu diversas intervenções no passado, entre as quais várias modificações para abrigar a sede social do Círculo Militar de Belém, que mantém no local um restaurante, um bar, depósitos e um salão de festas. Em 1978, tentou-se negociar a retirada do Círculo Militar e seu restaurante, para uma intervenção de restauração no imóvel. Em 1980, com as muralhas parcialmente destruídas, a edificação passou por obras de emergência para garantir a estabilidade do conjunto remanescente. Sob responsabilidade do Ministério da Defesa, a partir de 1983, com recursos da Fundação Pró-Memória, o IPHAN realizou obras de conservação e restauração no forte, um dos mais procurados pontos turísticos da cidade, por sua localização privilegiada e seu sentido histórico, integrando o complexo histórico e religioso da cidade velha em Belém.

Mas foi no governo de Almir Gabriel e Simão Jatene que o Forte sofreu sua maior e melhor reforma. O Complexo foi totalmente restaurado onde ficou moderno, porém, sem perder as linhas originais. O Complexo do Forte do Presépio e da Casa das 11 Janelas é um dos mais bonitos e visitados pontos turísticos de Belém.
Atualmente, nas instalações do Forte do Presépio, o Museu do Encontro conta um pouco do início da colonização portuguesa na Amazônia. Exibe também peças de cerâmica marajoara e objetos indígenas. No interior de suas muralhas ficam expostos antigos canhões e munição.
Portanto, onde hoje está o nosso Forte do Presépio, foi onde nasceu nossa queria e amada Santa Maria de Belém do Grão Pará, ou simplesmente, Belém do Pará!!!
Vista parcial de Belém